Keinginan balas Dendam
Karena nasehat tersebut, Raden Paku pun mengurungkan niatnya untuk membalas dendam kepada Prabu Menak Sembuyu yang masih merupakan kakeknya sendiri.
Di negeri Pasai para ulama besar dari negeri lain yang menetap dan memberikan pelajaran agana Islam kepada penduduk setempat. Kesempatan ini tidak di sia-siakan oleh Raden Paku dan Maulana Makdum Ibrahim. Keduanya belajar agama islam dengan rajin dan tekun, baik dengan Syekh Maulana Ishak maupun dengan guru-guru yang lainnya.
Ada yang beranggapan bahwa Raden Paku di karuniai ilmu laduni yaitu ilmu yang langsung berasal dari Tuhan, sehingga kecerdasan otaknya seolah tiada bandingnya. Di samping mempelajari ilmu Tauhid mereka juga belajar ilmu Tasawuf dari ulama Iran, Bagdad dan Gujarat yang telah bermukim dan menetap di negeri Pasai.
Ilmu- ilmu yang di pelajari tersebut, sangat berpengaruh terhadap kehidupan Raden Paku, terutama dengan perilakunya sehari-hari. Perilaku beliau mencerminkan seseorang yang mempunyai ilmu tingkat tinggi, yang sebenarnya hanya pantas di miliki oleh ulama yang sudah berusia lanjut dan berpengalaman. Kemudian guru-guru beliau memberi gelar Syekh Maulana A’inul Yaqin.
Kurang lebih tiga tahun menuntut ilmu di Pasai, dan di anggap sudah cukup oleh Syekh Maulana Ishak. Kemudian kedua pemuda tersebut di perintahkan untuk kembali ke Tanah Jawa. Oleh Syekh Maulana Ishak, Raden Paku di berikan sebuah bungkusan putih yang berisi tanah.
“Kelak, bila tiba masanya dirikanlah Pesantren di Gresik, carilah tanah yang sama betul dengan tanah dalam bungkusan ini, disitulah kau membangun Pesantren,” Demikian pesan ayahnya.
Kedua pemuda itu kembali ke Surabaya. Melaporkan segala pengalamannya kepada Sunan Ampel. Kemudian Sunan Ampel memerintahkan kepada Makdum Ibrahim untuk berdakwah di daerah Tuban. Sedang Raden Paku diperintah pulang ke Gresik kembali ke ibu angkatnya yaitu Nyai Ageng Pinatih. ” Sudah tiba masanya bagimu untuk berbakti kepada Nyai Ageng Pinatih.” Ujar Sunan Ampel. “Meskipun dia bukan ibu kandungmu tetapi di alah yang membesarkan dan merawatmu mulai dari kecil. Bantulah dagangan ibumu sambil berdakwah. Para pendahulu kita juga melakukan da’wah sambil berdagang.